崇明东滩位于上海市崇明岛的最东端，南北濒临长江的入海口，向东缓缓伸向浩瀚的东海，并与南北大陆遥遥相对。崇明东滩保护区南起奚家港，北至北八滧港，西以1968年建成的围堤为界限，东至吴凇标高零米线外侧3000m水线为界，仿半圆形航道线内属于崇明岛的水域、陆地和滩涂。崇明东滩保护区面积为326平方公里，属长江口典型的河口湿地。其中自然保护区在堤外滩涂的面积共265平方公里，包括吴淞标高零米线以上的滩涂为120平方公里，吴淞标高零米线以外宽度3000米内的水域145平方公里。堤内以人工湿地为主的面积为61平方公里。
    崇明东滩鸟类自然保护区记录到的鸟类有265种，其中依赖湿地生活的水鸟140种，国家重点保护的34种；列入中日、中澳政府间候鸟及其栖息地保护协定的鹬类分别为156种和54种。另外，迁徙季节在崇明东滩逗留的有8个涉禽的数量超过世界种群数量的1%，在中国大陆回收的澳大利亚环志的鸟类80%来自崇明东滩。崇明东滩还是多种生物周年性溯河和降河洄游的必经通道。