漳江口红树林保护区于1992年元月成立，1997年7月经省政府批准成为省级自然保护区，2003年6月经国务院批准升格为国家级自然保护区。漳江口保护区内有红树林、芦苇、卡开芦沼泽、短叶茳芏盐沼、江河、滩涂、河滩、鱼塘、水田等多种天然及人工湿地、滩涂底质有泥滩、泥沙滩、沙滩等各种类型，河网密布，湿地环境多样。
