该寺分为三个部分。第一部分，上妙不变佛殿为二层藏式平顶建筑下层为佛殿，四柱，东西长740米，南北宽6\12米，面积四大天王壁画殿内西边有壁塑佛龛，共有26个龛，每龛大小不一，中央壁塑龛高1米，进深0.7米，07米，宽穹隆形，顶为泥塑歇山式。内曾供有释迦牟尼佛铜像及红教尊师泥塑佛等，今已散失无余。殿内四周壁画由于房顶漏雨，山墙断裂，壁画冲刷严重 　　北面有一座两层楼房。上层为修行静室，共有十四间，其中一间为经典房，内供有《甘珠尔》和《丹珠尔》二套。下层有厨房、仓库、僧舍共八间。 佛殿东面是0神殿，九柱，高二层，内供泥塑的0神九尊，四周墙壁上绘有千尊佛及文殊、金刚手、观世音、地藏、除盖障虚、空藏、弥勒和普贤八大菩萨壁画。绝大部分模糊不清。上层出不穷为僧房（修行室）。该殿背后有一由白玛久美所建的威宝-大殿。坐北朝南。系该寺主要建筑。-大殿前方两侧各有一座两层僧房，不是同一时期所建。 　　前筑有明廊，主次分明，大殿平面呈长方形，东西长25米，南北宽1126米，24柱，大门宽2?米，高3米左右，殿前门为屏风式。殿内侧绘有莲花生千尊佛，东西两面无壁画。北面为经架，经回上放有《甘珠尔》和《丹珠尔》各一套。西面为壁塑佛龛，共有26龛，每龛大小不一。保存完好。中央壁画佛龛高1N56米，进深82米，宽113米。内供有泥塑释迦牟泥，其两侧供有泥塑舍利子和目犍连两大弟子，已被毁无存。周围泥塑为妙高处，狮子、翅鸟独居大象等分居两旁。整个壁塑佛龛周围均有山水、花木、云海波浪、滴水悬岩，还有仙山琼阁等，两边特塑有大白螺各一个。泥塑形式多样，栩栩如生，整个壁塑均涂有各种颜色。显得古朴、庄严。 　　威宝-大殿的二、三层楼均为僧舍、厨房、仓库。西边有一两层楼建筑，是该寺最早建筑，由大伏藏掘藏师贡觉旦增创建，后为各世-居室，名为密咒宫殿。其建筑为藏式平项式，矮屋小门，保存完好。现藏有旧唐卡50多幅弥足珍贵。乃旦寺具有独特的艺术风格，对于研究宁玛派后期的发展提供了珍贵的历史资料。