女娲祠的建造年代，目前可追溯到秦朝，距今已有2000多年的历史。1986年，天水牧马滩出土秦墓木板地图，其中绘制葫芦河的2号图标有一亭形物。据学者考证，此亭形物当为女娲祠。胡缵宗在《秦安志》中也记载，女娲祠“建于汉以前”。 　　 北魏时期，郦道元撰《水经注》，首次指出了女娲祠的具体位置。其《渭水篇》云：“略阳川水又西北流入瓦亭水。瓦亭水又西南出显亲峡，石宕水注之。水出北山，山上有女娲祠。庖羲之后有女娲焉，与神农为三皇矣。其水南流注瓦亭水”。略阳川水，即今清水河，自东向西流入瓦亭水(今葫芦河)。显亲峡在今秦安县叶堡乡和安伏乡之间，相传伏羲女娲在此结婚，繁衍人类。