国恩寺始建于唐代高宗弘道元年[683年]。它与六祖祝发道场广州光孝寺，毕生弘法道场曲江曹溪南华寺鼎足而立，并称六祖三大祖庭。国恩寺既是六祖肉身菩萨的故居，又是六祖弘法、示寂以及辑录六祖“法宝坛经”的圣地而名扬海内外。唐宋时期，国恩寺在佛教界被视为“岭南第一圣域”，“中国禅文化的发祥地”。香火鼎盛，僧人甚多，来寺朝拜参学者络绎不绝，寺院殿堂颇具规模，有僧田1800亩。宋绍兴年间寺宇重修，明永乐年间再次修葺。尔后，国恩寺渐衰，僧田多被豪强侵占，寺产被变卖。至使这座被尊为“中国禅宗发源地”的古寺，殿堂失修崩塌，香火式微。明穆宗隆庆元年[1567年]，知县邓应平发起，官民集资重修寺宇。此后国恩寺不断扩建。