后来清将施琅率军攻占台湾，将平定之功劳归于妈祖，于是在宁靖王府内供奉妈祖且改名为天后宫，扩建为巍峨宏大的妈祖庙。大天后宫在台湾将近400座妈祖庙中，具有贵族般的尊贵地位，是台湾第一座官建妈祖庙，也是唯一列入官方春秋祭典的妈祖庙。庙中塑像、雕塑皆出自名匠之手。古匾、古联之珍贵丰富更是全台庙宇少见。
